У рамках выканання Указа Прэзідэнта Кыргызскай Рэспублікі аб барацьбе з карупцыяй і павышэнні эфектыўнасці дзяржаўнай службы, Нацыянальнае агенцтва па інвестыцыях, падпарадкаванае Прэзідэнту Кыргызскай Рэспублікі, рэгулярна праводзіць мерапрыемствы, накіраваныя на забеспячэнне празрыстасці дзейнасці, умацаванне парадку выканання, павышэнне адказнасці службовых асоб, а таксама на ўдасканаленне механізмаў ўзаемадзеяння з грамадзянамі і прадстаўнікамі бізнесу.
Нацыянальнае агенцтва па інвестыцыях рэгулярна праводзіць сустрэчы з грамадзянамі і прадстаўнікамі бізнесу. Гэтыя сустрэчы арганізуюцца на аснове ўзаемадзеяння з дзяржаўнымі і муніцыпальнымі органамі і накіраваны на абмеркаванне інвестыцыйных ініцыятыў у рэгіёнах, а таксама на хуткае вырашэнне актуальных праблем.
У межах сваіх паўнамоцтваў Нацыянальнае агенцтва разглядае прапановы, заяўкі і звароты грамадзян у адпаведнасці з законамі Кыргызскай Рэспублікі і прымае адпаведныя меры. Электронныя звароты таксама прымаюцца і разглядаюцца ў устаноўленым парадку.
Для своечасовага адказу на звароты грамадзян у Нацыянальным агенцтве зацверджаны графік асабістых прыёмаў грамадзян кіраўніцтвам, а таксама працуе «тэлефон даверу» 300367. Акрамя таго, для ўмацавання сувязі з насельніцтвам грамадская прыёмная рэгулярна вядзе сваю дзейнасць.
Таксама, з мэтай хуткага збору меркаванняў і прапаноў грамадзян, Нацыянальнае агенцтва далучылася да аўтаматызаванай інфармацыйнай сістэмы «Сын-пікіраў» і ўстанавіла спецыяльны QR-код. Праз гэтую сістэму грамадзяне могуць пакідаць свае прапановы і ацэньваць дзейнасць ведамства.
У Нацыянальным агенцтве рэгулярна праводзяцца работы па ўмацаванні парадку выканання і павышэнні службовай адказнасці. Праводзяцца службовыя расследаванні па фактах парушэння тэрмінаў выканання дакументаў, па выніках якіх прымяняюцца адпаведныя дысцыплінарныя меры.